扫描式电子显微镜是用聚焦电子束在试样表面逐点扫描成像。试样为块状或粉末颗粒，成像信号可以是二次电子、背散射电子或吸收电子。其中二次电子是主要的成像信号。
由电子枪发射的能量为5～35keV的电子，以其交叉斑作为电子源，经二级聚光镜及物镜的缩小形成具有一定能量、一定束流强度和束斑直径的微细电子束，在扫描线圈驱动下，于试样表面按一定时间、空间顺序作栅网式扫描。聚焦电子束与试样相互作用，产生二次电子发射（以及其它物理信号），二次电子发射量随试样表面形貌而变化。
二次电子信号被探测器收集转换成电讯号，经视频放大后输入到显像管栅极，调制与入射电子束同步扫描的显像管亮度，得到反映试样表面形貌的二次电子像。
扫描式电子显微镜是用电子探针对样品表面扫描使其成像的电子显微镜。应用电子束在样品表面扫描激发二次电子成像的电子显微镜。主要用于研究样品表面的形貌与成分。
而透射电子显微镜是一个电子光学仪器。透射电镜包含大型透射电镜、低压透射电镜、冷冻电镜等，并拥有样品内部组织形貌观察、原位的电子衍射分析、原位的成分分析、表面形貌观察等功能。
透射电子显微镜是用透过样品的电子束使其成像的电子显微镜，在一个高真空系统中，由电子枪发射电子束，穿过被研究的样品，经电子透镜聚焦放大，在荧光屏上显示出高度放大的物像，还可作摄片记录的一类常见的电子显微镜。
